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Cavaria con Premezzo si trova nella fascia meridionale del Varesotto, si compone di due nuclei abitativi, Cavaria nella zona pianeggiante e Premezzo in posizione collinare.

Si ha notizia, almeno dal 1289, della chiesa di San Quirico a Cavaria e, dalla Notitia Cleri Mediolanensis de anno 1398, anche di un monastero di suore benedettine, dedicato ai Santi Quirico e Giulitta, che sorgeva nel paese e dipendeva dal monastero dei Santi Gratiniano e Felino di Arona.

L’arcivescovo di Milano, San Carlo Borromeo, giunse a Cavaria il 23 giugno 1570: nella chiesa di San Quirico non si celebrava la messa, ed il luogo sacro era piuttosto abbandonato tanto che gli 80 abitanti dovevano spostarsi altrove per assolvere al precetto festivo.
Si decise perciò di assegnare un beneficio ecclesiastico al sacerdote che avrebbe dovuto assistere i fedeli e, assunte decisioni in merito al miglioramento interno ed esterno della chiesa, si diede nuovo slancio alla vita religiosa.
La parrocchia vera e propria venne istituita tuttavia solo nel 1579.
Le ordinanze che seguirono la visita di san Carlo non vennero però seguite fino in fondo e nel 1586, due anni dopo la sua morte, in occasione di una nuova visita pastorale dell’arcivescovo Gaspare Visconti, la chiesa si presentava ancora in misere condizioni.

La povertà economica era generata anche dalla povertà morale.
Al tempo della visita del cardinale Federico Borromeo, nel 1608, era migliorata leggermente la situazione religiosa, sebbene l’edificio sacro rimanesse nello stato precedente.
Si dovette attendere il 1646 affinché, con l’aiuto economico dell’arcivescovo Cesare Monti, si potessero edificare battistero e sacrestia.

Le risorse economiche di Cavaria con Premezzo, come documentato da carte di archivio, erano, nel 1720, frumento, segale e granoturco, la vite e il gelso per l’allevamento dei bachi da seta.

Unita ad Orago fino al 1889, in coincidenza dell’autonomia, Cavaria venne unita a Premezzo, ma si chiamò fino al 1924 Cavaria ed Uniti.

Un notevole vantaggio venne al paese dalla costruzione della stazione ferroviaria, nel 1903, e dal passaggio dell’autostrada Milano – Varese negli anni Sessanta.

Nel dopoguerra migliorarono sensibilmente i rapporti tra popolazione e clero e il clima più disteso portò nel 1964 alla ristrutturazione della chiesa, che venne così ampliata fino quasi a raddoppiarla, e alla costruzione della canonica.
La chiesa dei Santi Quirico e Giulitta possiede ora preziosi reliquiari e arredi sacri, oltre ad alcune tele seicentesche recentemente restaurate.

Attualmente Cavaria, per la sua posizione in prossimità delle strade principali che da Milano conducono a Varese e grazie alla presenza sul suo territorio di attività industriali ed artigiane di diverso genere, è tra i centri produttivi più importanti della provincia.